Introducción: Las infecciones parasitarias intestinales están entre las causas más frecuentes del síndrome de malabsorción intestinal, afección frecuente en el trópico. Objetivo: Determinar la frecuencia de infecciones parasitarias intestinales y algunas de las características clínicas en pacientes con diagnóstico presuntivo de síndrome de malabsorción intestinal, atendidos en el Hospital Clínico Quirúrgico “Hermanos Ameijeiras”. Material y Métodos: Se realizó un estudio observacional descriptivo de corte transversal en 82 pacientes con síntomas sugestivos de malabsorción intestinal atendidos en ese hospital entre marzo de 2012 y marzo de 2013. Tres muestras de heces seriadas fueron recogidas por paciente, para ser  analizadas por 5 técnicas coproparasitológicas. Resultados: Dentro de las causas más frecuentes de diarreas crónicas, se encontraron: la diverticulosis colónica, la enfermedad celíaca y la cirugía previa de vesícula biliar. La prevalencia de infección en general fue de un 41,46%; con patógenos fue de un 12,19% y con comensales fue de un 35,36%. El protozoo que más prevaleció fue Blastocystis spp., con 26 casos (31,70%). Entre los protozoos patógenos se encontró Entamoeba histolytica/E. dispar con 8,54%, Cyclospora cayetanensis con 2,44% y Giardia lamblia con sólo un caso. Al comparar las características clínicas de los pacientes que estaban infectados con los que no lo estaban, no se encontraron diferencias significativas entre ambos grupos (P>0,05). Conclusiones: La presente investigación ha permitido acercarnos al conocimiento de los parásitos intestinales más frecuentes en individuos con diagnóstico presuntivo de síndrome de malabsorción, y la posible contribución de estos agentes biológicos a dicha entidad en nuestro medio.